Arrêt maladie : employeur et CPAM

En bref

Vous avez 48 heures pour transmettre votre arrêt maladie : volets 1 et 2 à la CPAM, volet 3 à l'employeur (ou seulement le volet 3 si l'arrêt est dématérialisé). Les indemnités journalières représentent 50 % du salaire journalier de base, après un délai de carence de 3 jours. Votre employeur peut compléter ce revenu via le maintien de salaire et la subrogation.

Un arrêt maladie met en jeu deux interlocuteurs distincts : votre CPAM, qui verse les indemnités journalières, et votre employeur, qui complète éventuellement ce revenu. Dès le premier jour, vous devez agir vite, car le délai de transmission n'est que de 48 heures. Selon que votre médecin établit un arrêt papier ou dématérialisé, vos démarches changent légèrement, mais l'objectif reste le même : prévenir votre caisse et votre employeur pour ouvrir vos droits. Ce guide détaille, étape par étape, ce que vous devez faire dès le premier jour, comment circulent les volets de l'avis d'arrêt, comment se calculent vos indemnités journalières et leur délai de carence, ce qu'apportent le maintien de salaire et la subrogation, ainsi que vos obligations pendant l'arrêt. Vous y trouverez aussi les règles propres à la fonction publique et au temps partiel thérapeutique, vérifiées pour 2026. Tous les montants cités proviennent de sources officielles indiquées en fin d'article.

Que faire dès le premier jour

Le premier réflexe est de consulter un médecin, qui apprécie si votre état justifie un arrêt de travail et en fixe la durée. Ensuite, tout se joue dans un délai de 48 heures.

Consultez votre médecin — Il établit l'avis d'arrêt de travail, en version dématérialisée ou sur papier (formulaire Cerfa à trois volets).
Prévenez votre employeur — Informez-le sans attendre, par téléphone, e-mail ou selon les modalités prévues par votre contrat ou votre convention collective.
Transmettez les volets à la CPAM — Si l'arrêt est papier, envoyez les volets 1 et 2 à votre caisse sous 48 heures. S'il est dématérialisé, votre médecin les a déjà adressés directement.
Adressez le volet 3 à votre employeur — Ce volet, qui ne comporte aucune donnée médicale, doit lui parvenir dans le même délai de 48 heures.
Conservez une copie — Gardez une trace de vos envois et de leur date, utile en cas de litige sur le respect du délai.

Pour comprendre comment l'arrêt maladie s'inscrit dans votre protection sociale globale, consultez notre guide de la /securite-sociale-guide/.

Les volets de l'avis et la transmission

L'avis d'arrêt de travail comporte traditionnellement trois volets, qui n'ont pas le même destinataire ni le même contenu :

les volets 1 et 2 contiennent des éléments médicaux et sont destinés au service médical de votre CPAM ;
le volet 3, sans information médicale, est destiné à votre employeur et lui sert à justifier votre absence.

De plus en plus de médecins établissent un arrêt de travail dématérialisé. Dans ce cas, les volets 1 et 2 sont transmis automatiquement et en temps réel à votre caisse : vous n'avez aucune démarche à faire de ce côté. Vous recevez alors un seul volet, destiné à l'employeur, que vous lui remettez sous 48 heures.

Arrêt papier ou dématérialisé

Avec un arrêt papier, vous êtes responsable de l'envoi : volets 1 et 2 à la CPAM, volet 3 à l'employeur, dans les 48 heures. Avec un arrêt dématérialisé, seule la transmission du volet à l'employeur vous incombe. En cas de retard répété de transmission, la CPAM peut réduire le montant de vos indemnités journalières.

Les indemnités journalières (carence, calcul)

Pendant votre arrêt, l'Assurance Maladie peut vous verser des indemnités journalières (IJ) pour compenser votre perte de salaire, sous réserve de remplir les conditions d'ouverture de droits (durée d'activité ou cotisations minimales).

Le calcul repose sur votre salaire journalier de base :

on additionne vos 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt ;
on divise cette somme par 91,25 pour obtenir le salaire journalier de base ;
l'indemnité journalière est égale à 50 % de ce montant.

Si vous êtes mensualisé et payé en début de mois, ce sont les salaires des trois mois civils précédant l'arrêt qui servent de référence. En cas d'activité saisonnière ou discontinue, la période de référence peut être étendue à douze mois pour lisser les revenus.

Les salaires pris en compte sont plafonnés à 1,4 fois le SMIC mensuel. Ce plafonnement limite mécaniquement le montant de l'IJ. Pour les arrêts prescrits en juin 2026, l'indemnité journalière maladie ne peut pas dépasser 41,95 € bruts par jour, même si votre rémunération réelle est plus élevée. Ce montant maximum est revalorisé périodiquement en fonction de l'évolution du SMIC.

Le délai de carence de 3 jours

Dans le régime général, aucune indemnité journalière n'est versée pour les 3 premiers jours de l'arrêt : c'est le délai de carence. Vos IJ démarrent donc au 4e jour. Ce délai s'applique à chaque nouvel arrêt, sauf cas particuliers (par exemple en cas de prolongation immédiate du même arrêt ou pour une affection de longue durée).

Vous suivez le versement de vos indemnités et l'avancement de votre dossier directement depuis votre /compte-ameli/.

Le maintien de salaire et la subrogation

Les indemnités journalières ne couvrent qu'une partie de votre salaire. C'est là qu'intervient le maintien de salaire versé par l'employeur, prévu par la loi de mensualisation et, souvent, amélioré par votre convention collective.

Pour bénéficier du maintien de salaire légal, vous devez en principe :

justifier d'au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise ;
avoir transmis votre arrêt dans le délai requis ;
être pris en charge par la Sécurité sociale (versement des IJ).

Le dispositif légal prévoit un délai de carence employeur de 7 jours : le maintien démarre généralement au 8e jour d'absence, sauf si votre convention collective le supprime ou le réduit. L'indemnisation légale s'élève à 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours, puis aux deux tiers pendant les 30 jours suivants ; ces durées augmentent avec l'ancienneté. Les montants sont calculés en complément des indemnités journalières déjà perçues.

De nombreuses conventions collectives sont plus favorables que la loi : elles peuvent supprimer le délai de carence employeur, porter le maintien à 100 % du salaire net, ou allonger sa durée. Pensez à vérifier votre convention, car c'est elle qui détermine, dans bien des cas, le revenu réel que vous percevrez pendant votre arrêt.

La subrogation, comment ça marche

La subrogation permet à votre employeur de percevoir vos indemnités journalières à votre place, directement auprès de la CPAM. En échange, il vous verse l'intégralité de votre salaire maintenu, sans attente. Elle est obligatoire dès lors que l'employeur maintient une rémunération supérieure au montant des IJ. Pour vous, l'avantage est concret : un seul versement, à date fixe, et aucune avance à faire.

Vos obligations pendant l'arrêt

Un arrêt maladie ouvre des droits, mais impose aussi des obligations. Leur non-respect peut entraîner la suspension de vos indemnités journalières, voire la perte du maintien de salaire.

Respectez les heures de présence à domicile. Sauf mention « sorties libres » de votre médecin, vous devez être chez vous de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, y compris les week-ends et jours fériés.
Respectez les horaires de sortie autorisés lorsque votre médecin les a fixés.
Ne quittez pas votre département sans accord. Pour séjourner ailleurs, demandez l'autorisation préalable de la CPAM.
Suspendez toute activité non autorisée, professionnelle comme rémunérée, pendant l'arrêt.
Tenez-vous prêt aux contrôles, qu'ils émanent de la caisse ou d'un médecin mandaté par votre employeur.

Contrôles et contre-visite médicale

Votre CPAM peut vérifier votre présence à domicile pendant les heures interdites de sortie. Votre employeur, lorsqu'il vous verse un maintien de salaire, peut mandater un médecin pour une contre-visite médicale, qui peut intervenir de manière inopinée en dehors des heures de sortie autorisées. Si le contrôle conclut que l'arrêt n'est pas ou plus justifié, ou si vous êtes absent sans motif valable, le versement des indemnités peut être suspendu.

Cas particuliers : fonction publique et temps partiel thérapeutique

Les règles diffèrent selon votre statut et le type de reprise envisagée.

Dans la fonction publique. En cas de congé de maladie ordinaire, le jour de carence reste fixé à 1 jour en 2026 : le premier jour de l'arrêt n'est pas rémunéré, quel que soit le jour de la semaine. Le projet de porter ce délai à 3 jours, débattu au Parlement, n'a finalement pas été retenu dans le budget 2026. Par ailleurs, depuis le 1er mars 2025, les trois premiers mois de congé de maladie ordinaire sont rémunérés à 90 % du traitement (au lieu de 100 % auparavant). Ce point étant susceptible d'évoluer, vérifiez votre situation auprès de votre service gestionnaire.

Le temps partiel thérapeutique (TPT). Il permet de reprendre progressivement le travail à temps partiel, pour des raisons médicales, tout en percevant une indemnisation complémentaire de la CPAM. Il est prescrit par votre médecin et nécessite l'accord de votre employeur ainsi que celui du service médical de l'Assurance Maladie. Le TPT n'est pas nécessairement précédé d'un arrêt à temps complet.

Sources et références

Questions fréquentes

Quel est le délai pour transmettre un arrêt maladie ?

Vous disposez de 48 heures après la date d'établissement de l'arrêt pour effectuer vos démarches. Si votre médecin établit un arrêt dématérialisé, les volets 1 et 2 partent directement vers votre caisse primaire d'assurance maladie : vous n'avez plus qu'à transmettre le volet 3 à votre employeur dans ce délai. Si l'arrêt est sur papier, vous envoyez vous-même les volets 1 et 2 à la CPAM et le volet 3 à l'employeur, toujours sous 48 heures. Le non-respect de ce délai peut entraîner une réduction de vos indemnités journalières en cas de retard répété.

Combien de jours de carence pour un arrêt maladie ?

Dans le régime général, l'Assurance Maladie applique un délai de carence de 3 jours : aucune indemnité journalière n'est versée pour les trois premiers jours de l'arrêt. Vos indemnités démarrent donc au 4e jour. Pour le maintien de salaire prévu par la loi de mensualisation, l'employeur applique de son côté un délai de carence de 7 jours, sauf si votre convention collective est plus favorable et le supprime. Dans la fonction publique, le jour de carence reste fixé à 1 jour en 2026.

Comment sont calculées les indemnités journalières ?

L'indemnité journalière maladie est égale à 50 % de votre salaire journalier de base. Ce salaire de base correspond à la moyenne de vos 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt, divisée par 91,25. Les salaires pris en compte sont plafonnés à 1,4 fois le SMIC mensuel. De ce fait, l'indemnité journalière maladie ne peut pas dépasser un montant maximum, fixé à 41,95 € bruts pour les arrêts prescrits en juin 2026. Ce plafond est revalorisé périodiquement selon l'évolution du SMIC.

Qu'est-ce que la subrogation en cas d'arrêt maladie ?

La subrogation est le mécanisme par lequel votre employeur perçoit directement vos indemnités journalières à votre place, auprès de la CPAM. En contrepartie, il vous verse l'intégralité de votre rémunération maintenue, sans rupture, sur votre bulletin de paie habituel. Vous évitez ainsi l'attente du versement de la caisse et vous n'avez aucune avance à faire. La subrogation est obligatoire lorsque l'employeur maintient un salaire supérieur au montant des indemnités journalières ; elle est sinon facultative et figure dans de nombreuses conventions collectives.

Peut-on être contrôlé pendant un arrêt maladie ?

Oui. Votre caisse d'assurance maladie peut vérifier votre présence à domicile pendant les heures de sortie interdites, y compris les week-ends et jours fériés. Sauf mention « sorties libres » de votre médecin, vous devez rester chez vous de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h. Votre employeur peut, lui aussi, mandater un médecin pour une contre-visite médicale lorsqu'il vous verse un maintien de salaire. Si vous devez séjourner hors de votre département, demandez l'accord préalable de la CPAM.